Karl Prokopetz erhielt seine dirigentische Ausbildung bei Prof. Hermann Michael an der Hochschule für Musik in München sowie bei Prof. Rolf Reuter (Berlin) und schloss sein Studium mit dem Meisterklassendiplom ab.
Er arbeitete als Assistent u.a. für Sergiu Celibidache sowie Sir Colin Davis und absolvierte außerdem zeitgleich ein privates Gesangsstudium.
Seine Theater-Engagements führten Karl Prokopetz zunächst als Repetitor und – mit Gastvertrag – lyrischer Tenor an das Staatstheater Wiesbaden, später als Kapellmeister und Repetitor an die Staatsoper Hannover und als 1. Kapellmeister nach Erfurt.
Ab 2006 war er Chefdirigent des Theaters Hof und von 2009 bis 2012 GMD am Theater Vorpommern (Stralsund/Greifswald), wo er später zusätzlich die Operndirektion übernommen hat und für die künstlerischen Belange des Bereiches Musiktheater verantwortlich zeichnete. Seit der Spielzeit 12/13 ist er als freier Dirigent im In- und Ausland tätig.
Karl Prokopetz ist regelmäßig zu Gast bei namhaften Festivals wie den „Europäischen Festwochen Passau“ oder dem „Kissinger Sommer“, wo der Bayerische Rundfunk von der Aufführung des „Deutschen Requiems“ (J. Brahms) einen Livemitschnitt produziert hat.
Internationale Gastspiele führten ihn nach Prag, Danzig, Malmö (R. Strauss, Der Rosenkavalier), nach Lissabon (G. Ligeti, Le Grand Macabre), sowie im Rahmen mehrerer Konzerttourneen nach Japan. Überregionale Aufmerksamkeit errang er außerdem durch die Leitung von Volker David Kirchners Oper „Gilgamesh“ anlässlich der Weltausstellung „Expo 2000“ in Hannover, sowie durch die Gestaltung des musikalischen Rahmenprogramms des „Internationalen Richard-Wagner-Kongresses 2010“ in Stralsund. Im Herbst 2011 war Karl Prokopetz eingeladen, die „Toyota-Classics-Tournee 2011“ durch mehrere Länder Südost-Asiens zu leiten.
Enge Zusammenarbeit verbindet Karl Prokopetz u.a. mit Regisseuren wie Giancarlo del Monaco, Werner Herzog, John Dew, Andreas Homoki, David Mouchtar-Samorai, Hans Peter Lehmann, mit den Komponisten Stanley Walden, Christian Jost, Charlotte Seither, Cong Su, Balduin Sulzer, John Corigliano, und mit namhaften Solisten wie Susanna Yoko Henkel (Violine), Gabor Boldoczki (Trompete), Olaf Bär (Bariton) oder Klaus Florian Vogt (Tenor).
Er dirigierte wiederholt am Teatro Nacional de Sao Carlos in Lissabon, an der Oper Malmö, das Prager Kammerorchester, die Staatsphilharmonie Brünn, die Baltischen Philharmonie Danzig, die Meininger Hofkapelle, die Münchner Symphoniker, die Chorgemeinschaft Neubeuern und das Orchester „KlangVerwaltung“ (München) sowie eine Vielzahl anderer Ensembles.